Pod vedením děkana doc. Ing. Pavla Žufana, Ph.D. pokračují z předchozího funkčního období doc. PhDr. Martina Rašticová, Ph.D. (proděkanka pro internacionalizaci) a Ing. Bc. Martin Machay, Ph.D. (proděkan pro vzdělávací činnost). Nově jsou ve vedení fakulty doc. Ing. Veronika Solilová, Ph.D. (proděkanka pro tvůrčí činnost), doc. Ing. et Ing. Lea Kubíčková, Ph.D. (proděkanka pro akademické záležitosti) a Ing. Jan Přichystal, Ph.D. (proděkan pro strategii). Tým vedení fakulty doplňuje doc. Ing. Oldřich Trenz, Ph.D. (předseda Akademického senátu PEF MENDELU) a Ing. Jaroslav Pakosta, LL.M (tajemník fakulty).